Jo! Som dodávateľom súprav na izotermické zosilnenie RNA a dnes sa chcem rozprávať o uskutočniteľnosti týchto súprav na amplifikáciu RNA s jednou bunkou.
Po prvé, pochopme, o čom je celková amplifikácia RNA s jednou bunkou. Sekvenovanie jednotlivých buniek RNA (SCRNA - SEQ) sa stalo v biologickom výskume meničom hry. Umožňuje nám študovať vzorce génovej expresie jednotlivých buniek, čo je veľmi dôležité, pretože bunky v tkanive nie sú rovnaké. Môže existovať veľa heterogenity a scRNA - seq nám pomáha nahliadnuť do týchto rozdielov na úrovni jednej - bunky. Ale tu je úlovok: množstvo RNA v jednej bunke je mimoriadne malé. Hovoríme o úrovniach pikogramu. A pre väčšinu techník analýzy po prúde potrebujeme oveľa väčšie množstvo RNA. Tam prichádza zosilnenie.
Takže čo s použitím našich súprav na izotermálne zosilnenie RNA pre túto úlohu? No, poďme sa do výhod a záporov.
Výhody
1. Jednoduchosť
Jedným z najväčších výhod izotermálnej amplifikácie je jeho jednoduchosť. Na rozdiel od tradičného PCR, ktorý vyžaduje, aby tepelný cykler prešiel rôznymi teplotnými cyklami (denaturácia, žíhanie a predĺženie), izotermálna amplifikácia dochádza pri konštantnej teplote. To znamená, že nepotrebujete ozdobný a drahý tepelný cykler. Amplifikačnú reakciu môžete vykonať v jednoduchom tepelnom bloku alebo dokonca vo vodnom kúpeli. Pre výskumných pracovníkov, ktorí robia single -bunkovú RNA amplifikáciu na rozpočte alebo v laboratóriu vybavenom menej, je to obrovské plus.
2. Rýchlosť
Izotermická amplifikácia je zvyčajne dosť rýchla. V relatívne krátkom období môže generovať veľké množstvo amplifikovanej RNA. Keď sa zaoberáte vzorkami jednotlivých buniek, čas je podstatou. Nechcete čakať na hodiny, kým sa zosilnenie skončí. NášMIRA RNA izotermálna rýchla amplifikačná súprava BASIC - IIje navrhnutý tak, aby vám poskytol rýchle výsledky, takže môžete prejsť na ďalší krok experimentu bez straty príliš veľa času.
3. Citlivosť
Tieto súpravy sú vysoko citlivé. Môžu detekovať a zosilňovať aj transkripty RNA s nízkym množstvom RNA v jednotlivých bunkách. Pri analýze single -buniek často existujú zriedkavé transkripty, ktoré sú rozhodujúce pre pochopenie funkcie a vývoja buniek. Naše súpravy izotermálnej amplifikácie môžu vyzdvihnúť tieto vzácne transkripty a zosilniť ich, čo vám umožní získať komplexnejší pohľad na profil génovej expresie v jednej bunke.
4. Kompatibilita
Izotermická amplifikácia je kompatibilná so širokou škálou následných aplikácií. Či už chcete robiť sekvenovanie RNA, qPCR alebo iné analytické metódy, je možné použiť amplifikovanú RNA z našich súprav. Táto flexibilita je vynikajúca, pretože vám umožňuje zvoliť metódu analýzy, ktorá najlepšie vyhovuje vašej výskumnej otázke.
Nevýhody
1. Predpätie
Jednou z hlavných nevýhod akejkoľvek metódy zosilnenia je zaujatosť. Izotermická amplifikácia nie je výnimkou. Rôzne transkripty RNA sa môžu amplifikovať rôznymi rýchlosťami, čo môže viesť k nepresnému znázorneniu pôvodnej populácie RNA v jednej bunke. Táto zaujatosť môže ovplyvniť výsledky analýzy po prúde, čo sťažuje presnú kvantifikáciu hladín génovej expresie. Náš tím výskumu a vývoja však tvrdo pracuje na minimalizácii tejto zaujatosti v našomMIRA RNA izotermálna rýchla amplifikačná súprava Nukleový kyselina Testovaný pásik. Optimalizovali sme reakčné podmienky a formulácie enzýmov, aby bola amplifikácia čo najtvrdšia.
2. Riziko kontaminácie
Pretože izotermická amplifikácia môže generovať veľké množstvo zosilneného produktu, existuje vyššie riziko kontaminácie. Dokonca aj malé množstvo kontaminujúcej RNA alebo DNA sa môže zosilniť a ukázať vo vašich výsledkoch. To môže viesť k falošným pozitívom a nepresným údajom. Na zníženie tohto rizika je dôležité dodržiavať prísne laboratórne protokoly, ako napríklad používanie špecializovaných pipety, práca v čistej kapote a používanie správnych metód dekontaminácie.
Uskutočniteľnosť v rôznych výskumných scenároch
1. Vývojová biológia
V vývojovej biológii je rozhodujúce porozumenie tomu, ako sa bunky rozlišujú a rozvíjajú. Amplifikácia RNA s jednou bunkou môže pomôcť výskumníkom identifikovať kľúčové gény a signálne dráhy zapojené do týchto procesov. Naše súpravy na izotermálne amplifikačné súpravy RNA tu môžu byť tu veľmi užitočné. Napríklad pri štúdiu skorého vývoja embrya môže analýza jednobunkových buniek odhaliť zmeny génovej expresie, ktoré sa vyskytujú, keď sa bunky začínajú špecializovať. Jednoduchosť a rýchlosť našich súprav umožňujú výskumným pracovníkom rýchlo zosilniť RNA z týchto vzácnych vzoriek jednotlivých buniek a začať analyzovať údaje.
2. Výskum rakoviny
Rakovina je komplexné ochorenie a analýza s jednou bunkovou RNA môže poskytnúť pohľad na heterogenitu nádorových buniek. Rôzne bunky v nádore môžu mať rôzne profily expresie génov, ktoré môžu ovplyvniť ich správanie, ako sú metastázy a rezistencia na liečivo. Naše súpravy sa môžu použiť na amplifikáciu RNA z jednotlivých rakovinových buniek, čo umožňuje vedcom študovať tieto rozdiely na molekulárnej úrovni. Vysoká citlivosť našich súprav môže zistiť zriedkavé transkripty, ktoré môžu súvisieť s progresiou rakoviny alebo s reakciou na liek.
3. Imunologia
V imunologii môže analýza s jednou bunkou RNA pomôcť pochopiť funkciu rôznych podskupín imunitných buniek. Napríklad T bunky môžu mať rôzne podtypy, z ktorých každý má jedinečný vzor expresie génu. Naše súpravy izotermálnej amplifikácie RNA sa môžu použiť na amplifikáciu RNA z jednotlivých T buniek, čo umožňuje vedcom študovať zmeny génovej expresie, ktoré sa vyskytujú počas imunitnej odpovede.
Kontrola kvality
Pri používaní našich súprav na izotermálnu amplifikáciu RNA na amplifikáciu RNA s jednou bunkou je nevyhnutná kontrola kvality. Vždy by ste mali vykonávať negatívne ovládanie, aby ste skontrolovali kontamináciu. Tiež je dobré používať hrot - v ovládacích prvkoch RNA. Toto sú známe RNA sekvencie, ktoré pridáte k svojim vzorkám s jedným bunkou v známej koncentrácii. Porovnaním výsledkov zosilnenia hrotu - v kontrolách so skutočnou jednotkovou RNA môžete vyhodnotiť účinnosť a zaujatosť amplifikačnej reakcie.
Okrem toho môžete použiť gélovú elektroforézu alebo kapilárnu elektroforézu na kontrolu distribúcie veľkosti amplifikovanej RNA. Dobrý výsledok zosilnenia by mal ukazovať relatívne široký rozsah veľkostí RNA, čo naznačuje, že sa zosilnili rôzne transkripty.
Záver
Záverom je, že použitie našich súprav na izotermickú amplifikáciu RNA na amplifikáciu RNA s jednou bunkou je určite možné. Aj keď existujú určité výzvy, ako napríklad riziko zaujatosti a rizika kontaminácie, výhody jednoduchosti, rýchlosti, citlivosti a kompatibility z nich robia skvelú voľbu pre mnohé výskumné scenáre. Či už ste v základnom výskumnom laboratóriu alebo v prostredí klinického výskumu, naše súpravy vám môžu pomôcť vyťažiť maximum zo vzoriek jednej bunkovej RNA.
Ak máte záujem dozvedieť sa viac o našich súpravách Izotermálnej amplifikácie RNA alebo máte nejaké otázky týkajúce sa ich použitia na amplifikáciu RNA s jednou bunkou, neváhajte sa osloviť. Vždy sme radi, že sme sa porozprávali a pomáhali vám s vašimi výskumnými potrebami. A ak ste pripravení uskutočniť nákup, sme tu, aby sme uľahčili proces obstarávania. Môžete preskúmať náš sortiment produktov vrátaneMIRA DNA izotermálna rýchla amplifikačná súprava základná, na našich webových stránkach a začnite svoju cestu v analýze Single -bunkovej RNA.
Odkazy
- Tang, F., Barcacioru, C., Wang, Y., Nordman, E., Lee, C., Xu, N.,… & Surani, MA (2009). MRNA - SEQ CELÁ - Analýza transkriptómu jednej bunky. Nature Methods, 6 (5), 377 - 382.
- Van Dijk, DF, Nanys, J., Guo, G., Sharma, R., Khodosevich, K., Adonis, X., ... & Van Oudenaarden, A. (2018). Desať rokov sekvenovania RNNA s jednou bunkou. Nature Communications, 9 (1), 1 -
- Chen, F. a Macosko, EZ (2019). Single -bunkové RNA sekvenčné technológie a bioinformatické potrubia. Nature Protocols, 14 (4), 1 202 - 1 226.